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Magazine » Actualidad » Facturas no registradas en el SII. Deducción 

Facturas no registradas en el SII. Deducción 

2 febrero 2026 | Actualidad

En esta resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) de 27 de octubre de 2025 (RG 3742/2024), aborda diversas cuestiones relevantes en el ámbito del Impuesto sobre el Valor Añadido (IVA), especialmente en relación con la aplicación del recargo de equivalencia, la deducibilidad de cuotas de IVA soportado no registradas en el Suministro Inmediato de Información (SII), el tratamiento del IVA a la importación, y la delimitación entre incumplimientos formales y culpabilidad sancionable. 

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La resolución aborda la deducibilidad de cuotas de IVA soportado no registradas en el SII, que habían sido incluidas por la entidad en sus autoliquidaciones agregadas del modelo 322. La Inspección detectó discrepancias significativas entre las cuotas deducidas y las efectivamente registradas. 

El TEAC subraya que el SII no constituye una mera obligación informativa, sino que sustituye la llevanza material de los libros registro del IVA, de modo que su incorrecto cumplimiento afecta directamente a la fiabilidad de dichos libros y al ejercicio del derecho a la deducción. En este sentido, confirma que la falta de registro de las facturas en el SII dentro del plazo reglamentario impide la deducción de las cuotas en los periodos comprobados, sin perjuicio de su posible deducción en periodos posteriores si se cumplen los requisitos legales. 

El Tribunal introduce una matización destacable respecto del IVA a la importación, aplicando el principio de regularización íntegra y neutralidad del impuesto. Señala que, cuando la Administración regulariza el IVA devengado en una importación, debe reconocer correlativamente el derecho a la deducción del IVA soportado en el periodo en que el sujeto pasivo estaba habilitado para ejercerlo, incluso en caso de incumplimientos formales del SII, siempre que no exista fraude, abuso de derecho o conducta dolosa. Dado que en el caso analizado no se acreditó ninguna conducta de este tipo, el TEAC considera improcedente la negativa absoluta a la deducción del IVA a la importación liquidado por la Aduana. 

En definitiva, el TEAC estima parcialmente la reclamación, confirmando en lo sustancial la regularización practicada por la Administración, admitiendo la deducción del IVA a la importación y anulando la sanción por ausencia de culpabilidad, lo que refuerza la distinción entre incumplimientos formales y conductas materialmente sancionables en el ámbito del IVA y del SII. 

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Artículo auditado por:
José Antonio Cuevas Manceras
Group Product Manager Compliance. Licenciado en Empresariales UAM - Diplomado en Estadistica UCM, Auditor de Cuentas. Economista auditor de cuentas, gran parte de su labor profesional la ha dedicado al asesoramiento de empresas en temas contables, fiscales y mercantiles. Ha colaborado como perito judicial en encargos asignados por los Registros y Juzgados Mercantiles.

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